В растениях алкалоиды находятся в виде солей органических и неорганических кислот (лимонной, щавелевой, яблочной, уксусной, фосфорной и т.д.), растворенных в клеточном соке.

Алкалоиды накапливаются в листьях, плодах, семенах, коре, подземных органах. У некоторых растений алкалоиды содержатся во всех частях в значительных количествах, у других в какой-то части растения.

Биологические функции алкалоидов пока до конца не выяснены. В последнее время считают, что алкалоиды участвуют в обмене веществ, являются стимуляторами и регуляторами роста, выполняют защитную роль.